بخش دوم مناظره پیام فضلی نژاد و شهریار زرشناس به موضوع بازخوانی ماهیت و شناسنامه «حلقه های سکولار در دانشگاههای ایران» اختصاص دارد.
در این بخش فضلی نژاد با شرح نقشه راه رهبران فکری سازمان سیا برای دانشگاههای ایران به معنا و مبنای آراء و اندیشه های فیلسوفان یهودی مانند کارل پوپر، آیزایا برلین، ریمون آرون و… اشاره میکند. پژوهشگر موسسه کیهان همچنین به نقش اساتید سکولار مانند «حسین بشیریه»، «سعید حجاریان»، «عبدالکریم سروش» و… برای گسترش سکولاریسم میپردازد و از نفوذ مبلغان علوم انسانی سکولار در دانشگاههای تهران، تربیت مدرس، علامه طباطبایی و… سخن میگوید.
شهریار زرشناس نیز در بخش پایانی گفتگو به شرح راهبردهای تحول در علوم انسانی و دانشگاهها میپردازد و لزوم بازنگری در برخی کتب سازمان «سمت» مانند کتابهای حاتم قادری را یادآور می شود. زرشناس تحقق منویات رهبر معظم انقلاب را در عرصه علوم انسانی از اولویت های اصلی این بحث میداند.